POLIMORFISMOS DE NUCLEÓTIDO SIMPLE ASOCIADOS A VARIABLES AMBIENTALES EN EL GENOMA DE BOVINOS CRIOLLOS PANAMEÑOS

Villalobos-Cortés, Axel; Rodríguez-Espino, Ginnette; Murillo-Alcedo, Manuel; Castillo-Mayorga, Hilda; Franco-Schafer, Selma

POLIMORFISMOS DE NUCLEÓTIDO SIMPLE ASOCIADOS A VARIABLES AMBIENTALES EN EL GENOMA DE BOVINOS CRIOLLOS PANAMEÑOS

Villalobos-Cortés, Axel; Rodríguez-Espino, Ginnette; Murillo-Alcedo, Manuel; Castillo-Mayorga, Hilda; Franco-Schafer, Selma

SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS ASSOCIATED WITH ENVIRONMENTAL VARIABLES IN THE GENOME OF PANAMANIAN CREOLE BOVINE

Autores Villalobos-Cortés, Axel
Autores Rodríguez-Espino, Ginnette
Autores Murillo-Alcedo, Manuel
Autores Castillo-Mayorga, Hilda
Autores Franco-Schafer, Selma

Descripción Climate change is defined as the spatial, both local and global, and temporal variations of environmental climatic variables on Earth. In relation to this problem and the species that suffer these effects, there is a phenomenon called phenotypic plasticity, which is defined as the property of a genotype to originate different phenotypes, depending on the conditions of the surrounding environment, whether biotic or abiotic. Taking advantage of Single Nucleotide Polymorphism (SNP) analysis in cattle, it is now possible to scan the genome for regions involved in adaptation to the local environment. These domestic species are presented as biological models to describe the short-term response to abiotic-type pressures, such as climate, during their migration from the centers of domestication and their dispersal to new ecosystems and their diversification in populations or races due to natural selection, artificial and genetic drift. The objective of this work was to identify single nucleotide polymorphisms of genes associated with environmental variables in Guaymí and Guabalá Creole cattle in Panama. An array of 10,000 SNP markers was used to calculate diversity parameters such as the percentage of polymorphic loci, observed and expected heterozygosity, effective number of alleles (Ne), deviations from the Hardy-Weinberg equilibrium by population, allelic frequencies, indices of Wright fixation, Shannon diversity index. The number of polymorphic loci associated with environmental variables suggest that these breeds still retain adaptive capacity through mechanisms of phenotypic plasticity, to the local environment where they live.
Descripción El cambio climático se define como las variaciones espaciales, tanto a nivel local y global y de carácter temporal de las variables climáticas ambientales en la Tierra. En relación con esta problemática y las especies que sufren estos efectos, existe un fenómeno denominado plasticidad fenotípica, que se define como la propiedad de un genotipo para originar diferentes fenotipos, según las condiciones del medio circundante, ya sean bióticos o abióticos. Aprovechando el análisis de Polimorfismo de Nucleótido Simple (SNP) en bovinos, actualmente es posible escanear el genoma en busca de regiones involucradas en la adaptación al entorno local. Estas especies domésticas se presentan como modelos biológicos para describir la respuesta a corto plazo de presiones de tipo abiótico, como el clima, durante su migración desde los centros de domesticación y su dispersión hacia nuevos ecosistemas y su diversificación en poblaciones o razas debido a la selección natural, artificial y la deriva genética. El objetivo de este trabajo fue identificar polimorfismos de nucleótido simple de genes asociados a variables ambientales en bovinos criollos Guaymí y Guabalá. Mediante un arreglo de 10K marcadores de SNP, se calcularon parámetros de diversidad como el porcentaje de loci polimórficos, heterocigosis observada y esperada, número efectivo de alelos (Ne), las desviaciones del equilibrio de Hardy-Weinberg por población, frecuencias alélicas, índices de fijación de Wright e índice de diversidad de Shannon. El número de loci polimórficos asociados a variables ambientales sugiere que estas razas todavía retienen capacidad adaptativa mediante mecanismos de plasticidad fenotípica al medio local donde se desenvuelven.

Editorial Instituto de Innovación Agropecuaria de Panamá

Fecha 2023-01-06

Tipo info:eu-repo/semantics/article
Tipo info:eu-repo/semantics/publishedVersion
Tipo Artículo revisado por pares

Formato application/pdf
Formato text/html

Identificador http://www.revistacienciaagropecuaria.ac.pa/index.php/ciencia-agropecuaria/article/view/604

Fuente Ciencia Agropecuaria; Núm. 36 (2023): CIENCIA AGROPECUARIA; 37-52
Fuente 2414-3278
Fuente 0258-6452

Idioma spa

Relación http://www.revistacienciaagropecuaria.ac.pa/index.php/ciencia-agropecuaria/article/view/604/484
Relación http://www.revistacienciaagropecuaria.ac.pa/index.php/ciencia-agropecuaria/article/view/604/498